버스는 바로 출발을 하지 않고 정해진 배차 시간에 맞춰 출발하기 위해 잠깐 정차해 있었고, 사람들이 한두 명씩 버스에 올라오고 있었다.

있었고, -- 있었다는 고쳐야 하는 부분인가요?

같은 표현이 반복되는 것은 단조로우므로 좋지 않습니다.

'버스는 바로 출발하지 않고 정해진 배차 시간에 맞춰 출발하기 위해 잠깐 정차해 있는 동안, 사람들이 한두 명씩 버스에 올라오고 있었다.' 정도로 고치는 것이 적절합니다.