그 외과 원장님은 수술을 안 하면, 내 오른팔이 자라지 않아서 오른팔만 짧은 체형이 되거나, 그걸 넘어서서 악성 골종양, 즉 암으로 바뀌어 목숨이 위태로울 수도 있다고까지 우려를 표했다.

그걸 넘어서서 → 심지어
암으로 바뀌어 → 암으로 발전해서'
있다고까지 우려를 표했다 → 있다는 우려를 하기도 했다

위와 같이 세 부분을 고치면 되나요?

네, 고친 표현이 바릅니다. 종합하면 다음처럼 고칩니다.

그 외과 원장님은 수술을 안 하면 내 오른팔이 자라지 않아서 오른팔만 짧아질 뿐만 아니라, 심지어 악성 골종양, 즉 암으로 발전해서 목숨이 위태로울 수도 있다는 우려를 하기도 했다.