[이론과 분리되지 않는 현상]
[이론과 분리되지 않은 현상]

[않는]과 [않은]을 구별해서 써야 하나요?

'현상'은 '현재의 상태'를 나타내므로 현재 시제인 '않는'을 쓰는 것이 더 적절합니다.

'이론과 분리되지 않는 현상'으로 씁니다.