예를 들면 나무란 단어는 숲과 숲을 품은 세상의 특징까지 지니고 있고, 특정 광물 단어에는 그 광물을 품었던 바위를 드러내는 특징이 있었다.

지니고 있고, -- 특징이 있었다로 구성하면 괜찮을까요?

'지니고 있고'는 현재 시제이고, '특징이 있었다'는 과거 시제이므로 시제가 다릅니다.

시제를 현재로 일치시켜 '~지니고 있으며, ~ 특징이 담겨 있다.' 정도로 고치는 것이 적절합니다.