결국 필요경비의 문제는 개별 비용 항목의 인정 여부를 넘어서, 소득이 형성되는 과정에서 비용이 어떠한 기능을 수행하는지를 실질적으로 평가하는 문제에 있다.

문제는 -- 문제에 있다
이 형태의 문장인데 괜찮을는지요?

알찬 하루 보내십시오

감사합니다.

'문제'가 중복되므로 '결국 필요경비의 문제는 ~ 평가하는 데 있다.' 정도로 고치는 것이 더 자연스럽고 적절합니다.