납세자가 특정 거래를 법인 명의로 수행하였으나, 과세 관청은 해당 소득이 실질적으로는 개인에게 귀속된 것으로 보아 과세하였다.

위 문장에서 ‘보아’는 제대로 쓰인 말인가요?

문맥상 적절하게 쓰였지만, 좀 더 명확하게 표현하려면 '판단하여'로 고치는 것도 권해 드립니다.