소련 측과 약조를 맺을 때, 아군 지도부는 속으로 연해주를 우리의 자치구역으로 삼으려고 했다.

문맥으로 볼 때 삼아야겠다고 생각했다 정도로 고쳐야 하는 것 아닌가요?

'속으로'와 호응하려면 말씀하신 대로 '삼아야겠다고 생각했다.'로 고치는 것이 더 적절하고 자연스럽습니다.