할머니도 당연히 아버지와 같은 생각이었다.

할머니의 생각도 당연히 아버지와 같았다.

할머니도 당연히 아버지와 같은 생각을 하고 있었다.

세 번째 문장을 택하는 게 좋을까요?

모두 쓸 수 있으나, 첫 번째 문장이 간결하고 가장 적절합니다.