그 과정이 늘 순탄했던 것은 아니다.

그 과정은 늘 순탄하지만은 않았다

어떤 문장을 채택할까요?
것이라는 말이 없는 두 번째 문장이 좋을까요?

두 문장 모두 쓸 수 있으나, '그 과정이 늘 순탄하지만은 않았다.'가 가장 자연스러운 문장입니다.