파동과 입자는 인식으로 구분했을 뿐 본래 구분이 없었다.

구분이 없었다는 이상하게 보입니다
구분하지 않았다 정도가 어떨까요?

말씀하신 바가 맞습니다. '본래 구분하지 않았다.'로 고치는 것이 문맥상 자연스러운 표현입니다.