그때 우리 처지에서는 사업 매각보다는 구조조정이 최선이었을 것이다.

‘보다는’이라는 말이 있는데 ‘최선’을 써도 될까요?

쓸 수 있습니다. 다만 '우리 처지에서는'과 '최선이었을 것이다'의 호응이 어색하므로, '그때 우리 처지에서는 ~ 구조조정이 최선이었다.'로 고치는 것이 적절합니다.