이는 그가 감사가 되어 처음으로 행한 부패한 부서에 대한 반항이자 경고인 셈이다.

‘행한’은 그대로 두어도 괜찮을까요?

'부패한 부서에 대해 행한 반항'은 군더더기 표현이라 어색합니다.

'이는 그가 감사가 되어 처음으로 부패한 부서에 반항하며 보낸 경고인 셈이다.' 정도로 고치는 것이 자연스럽습니다.