“일찍이 한번 참배한 적이 있다.”라고 말하고 있으므로 일연은 이 글을 쓰는 시점에 두 번째로 가섭불 연좌석을 참배하고 있음이 확실하다.

참배하고 있음이 확실하다.

참배하고 있었음이 확실하다.

참배하고 있었다는 것이 확실하다.

어느 말을 쓰는 게 무난하겠는지요?

' 이 글을 쓰는 시점에'와 호응하려면 '참배하고 있었음이 확실하다.'로 쓰는 것이 가장 적절합니다.