그가 눈을 감고 기가 끊어진 지도 이미 오랜 시간이 지나간 뒤에,

‘이미 -- 뒤에’의 형태로 쓰는 게 바람직한가요?

'이미'와 '뒤에'가 함께 나오면 어색합니다.

'그가 눈을 감고 기가 끊어진 지도 이미 오래되어' 정도로 고치는 것이 간결하고 명확합니다.