이 점에 대해 매우 송구스럽다는 말씀을 드리면서, 너그럽게 이해하여 주시기를 바라는 마음 간절하다.

위 문장의 후반부(너그럽게 이해하여 주시기를 바라는 마음 간절하다.)가 문법적으로 올바르게 쓰였는지 알려주시면 감사하겠습니다

앞부분은 '말씀을 드리면서'로 높이고 있는데, 뒤에서는 '간절하다'로 끝맺고 있으므로 호응이 맞지 않습니다.

'~바라는 마음이 간절합니다.' 정도로 고치는 것이 적절합니다.