의미 이해는 되지만 흐름이 자연스럽지 않습니다. 다음처럼 고치면 어떨까요?

배가 다 만들어진 후 점검해 보니, 물에 넣어도 물 들어갈 틈이 없어서 다 된 줄 알았다. 그런데 나중에 보니 굴뚝이 빠져 있었다.