작년 65개 기관에 메이커 스튜디오를 만들어 운영하고 있다.


작년이라는 말이 있으므로 ‘운영하고’를 ‘운영해 오고’로
바꾸어 쓰는 게 좋지 않겠습니까?

작년부터 현재 진행형으로 계속되고 있다는 뜻이므로, 말씀하신 것처럼 '운영해 오고 있다.'로 고치는 것이 문맥상 적절합니다.