가장 큰 문제로는 자전거 도로의 미비점이다.

가장 큰 문제는 자전거 도로의 미비다.

첫 번째 문장을 두 번째 문장으로 고치면 되겠는지요?

두 번째 문장도 바르지만 약간 어색하므로 '가장 큰 문제는 자전거 도로가 부족하다는 점이다.' 정도로 고치는 것이 자연스럽습니다.