다만 분명히 말할 수 있는 건 그에게 남다른 점이 있었다는 점이다.

‘점’이 두 번 나옴으로써 이상해진 것 같습니다

앞의 ‘점’을 ‘부분’이라는 말로 바꿀까요?

'남다른 점이 있었다는 것이다.' 정도로 고치면 문맥상 자연스러워집니다.